پدر بزرگوارش حضرت آیت الله فاضل لنکرانى نه تنها یک روحانى جلیل القدر، که اساساً از محترم ترین بزرگان و اساتید حوزه علمیه قم به شمار مى رفت. آن بزرگ مرد که از مهاجران قفقاز بود و سال ها در مشهد مقدس و حوزه علمیه زنجان به تحصیل و تدریس اشتغال داشت، یک سال بعد از آن که حوزه علمیه قم به دست تواناى حضرت آیت الله حاج شیخ عبدالکریم حائرى یزدى رحمة الله علیه تأسیس شد وارد قم و حوزه علمیه مقدسه آن گردید. در همان اوان با یکى از خاندان هاى اصیل وصلت کرد و از این وصلت، فرزندانى نیکوتبار به وجود آمدند و بدینسان، حضرت آیت الله حاج شیخ محمد فاضل لنکرانى که چهارمین فرزند آن خاندان و تنها فرزند روحانى پدر به شمار مى رود در خانواده علم و تقوى و روحانیت تولد یافت.
استاد از همان سال هاى کودکى، سخت تحت تأثیر جاذبه معنویت پدر قرار گرفته و دلباخته راه او شد و در آن عوالم پاک و بى آلایش کودکى تصمیم گرفت راه و روش زندگى پدر را سرمشق خود قرار دهد و به عالم روحانیت بپیوندد.
پس به محض آنکه دوره شش ساله تحصیل ابتدایى را به پایان برد، با آنکه در رشته تحصیلات جدید رشد و توفیق بسیار به دست آورده و هوش و استعداد فراوان بروز داده بود، یکباره از ادامه تحصیل در مدارس جدید چشم پوشیده به جامعه طلاب علوم دینى جامعه طلاب علوم دینى پیوست.